In der Abenddämmerung flattern die Fledermäuse aus ihren Höhlen. Deren Öffnungen sind meist nahezu unsichtbar: kleine Schlitze, die sich unter einer leicht abgehobenen Borke verstecken. Alle 15 in Frankfurt vorkommenden Fledermausarten sind besonders geschützt, deswegen müssen ihre Schlafräume gesichert werden.

Sowohl in Parks als auch in Teilen des Waldes ließ die Abteilung Naturschutz und Biodiversität/untere Naturschutzbehörde des Umweltamtes alle Bäume mit Höhlen ermitteln. Das Grünflächenamt erfasste diese sodann in seinem Baumkataster. Rund 2.500 Höhlenbäume sind darin registriert. Jeder ist am Stamm mit einer ­Plakette gekennzeichnet. Beim Pflegen der Bäume kann so auf die Schlafräume von Abendseglern und anderen Fledermäusen Rücksicht genommen werden. In Höhlen mit größeren Öffnungen leben Siebenschläfer und Marder. Spechte bauen ihre Höhlen selbst, während Stare und Meisen diese später als Second-Hand-Höhle nutzen.

Aus der Höhlenerhebung ent­wickelte Frankfurt 2008 mit Unterstützung der Deutschen Bundesstiftung Umwelt einen Praxisleit­faden, in dem bundesweit erstmals eine Richtlinie mit Lösungsmöglichkeiten für den verbreiteten Konflikt zwischen Artenschutz und Verkehrssicherung aufgezeigt werden.

Der Leitfaden war eines der ausschlaggebenden Kriterien für die Auszeichnung „Europäische Stadt der Bäume“.